Depuis des décennies, les arrêts de travail dans la fonction publique sont un baromètre discret du rapport au travail, à la santé et à la dépense publique. En enquêtant sur le terrain et en recoupant les chiffres, je vois une tension persistante entre deux attentes légitimes : protéger les agents lorsqu’ils sont malades et garantir la soutenabilité des comptes publics. La réforme entrée en vigueur en 2025 a précisément tenté de rééquilibrer ce compromis. Elle promettait des économies significatives et un absentéisme en baisse. Ce que je constate, avec de nombreux responsables RH et agents, c’est une réalité plus nuancée.
Synthèse :
La réforme 2025 a réduit l’indemnisation des CMO sans faire reculer l’absentéisme, je vous propose des actions concrètes pour limiter les effets de report et mieux accompagner les agents.
- Renforcer la prévention en santé au travail : agir sur l’ergonomie, les charges et les risques psychosociaux pour s’attaquer aux causes des arrêts plutôt qu’à leurs symptômes.
- Cartographier les garanties mutuelles : vérifiez qui compense la perte de revenu, cela permet d’évaluer l’impact réel de la mesure et d’harmoniser les pratiques locales.
- Mettre en place un suivi des arrêts par durée : suivez l’évolution des très courts, moyens et longs arrêts pour détecter les déplacements de comportements et cibler les actions.
- Protéger les agents aux plus faibles rémunérations : prévoir des dispositifs de soutien ciblés (aide sociale, avance, compléments collectifs) pour éviter une perte de pouvoir d’achat significative.
- Déployer des parcours de reprise progressive et du dialogue de proximité (suivi médical, adaptations temporaires) pour réduire les rechutes et raccourcir les durées totales d’absence.
Contexte et enjeux des arrêts maladie dans la fonction publique
Avant d’examiner la réforme, il faut comprendre l’héritage qui pèse sur le sujet. Pendant près de 80 ans, un principe a structuré le modèle public : depuis 1946, les fonctionnaires en congé maladie ordinaire (CMO) conservaient 100 % de leur traitement. Ce cadre s’est légèrement durci en 2018 avec l’instauration d’un jour de carence lors du premier jour d’arrêt.
Cette générosité avait un coût. En 2022, l’Inspection générale des finances a chiffré la dépense totale des arrêts maladie dans la fonction publique à 15 milliards d’euros. Dans un contexte de maîtrise des finances publiques, ce montant a servi de déclencheur. D’autant que la perception d’un absentéisme jugé élevé s’est enracinée, alimentant une succession de réformes destinées à en contenir l’ampleur et à revoir les incitations.
Les ministères ont multiplié les ajustements, du contrôle médical renforcé aux évolutions indemnitaires. Pourtant, sur le terrain, les retours sont récurrents : la hausse de la charge de travail, les réorganisations, l’usure professionnelle et les risques psychosociaux nourrissent des arrêts plus fréquents ou plus longs. La réforme de 2025 s’inscrit exactement dans cette ligne de fracture.
La réforme de 2025 : contenu et ambitions
Entrée en vigueur au printemps 2025, la réforme a redessiné les règles d’indemnisation du CMO et s’est fixée des objectifs budgétaires et comportementaux ambitieux. Voici ce qui change concrètement et ce que le gouvernement en attendait.
Les changements apportés par la réforme
Le cœur de la réforme se trouve dans l’article 198 de la loi de finances pour 2025. Il revisite l’indemnisation des congés maladie ordinaires pour les agents publics. Désormais, les trois premiers mois sont indemnisés à 90 % du traitement, au lieu de 100 % précédemment. Pour les neuf mois suivants, l’indemnisation reste fixée à 50 %, comme avant. Le principe du jour de carence est conservé et s’applique au premier jour d’arrêt. Une extension à trois jours avait été évoquée au départ, elle n’a finalement pas été retenue.
Des protections sont toutefois préservées. Les congés de longue maladie (CLM), de longue durée (CLD) et les accidents du travail ne sont pas concernés par la baisse d’indemnisation. Ces cas relèvent de pathologies plus lourdes ou d’événements liés au service et conservent un régime plus protecteur. Le calendrier d’application a été fixé au 1er mars 2025, afin de laisser aux administrations et aux mutuelles le temps d’adapter leurs dispositifs.
Pour visualiser l’avant et l’après, je vous propose un repère synthétique. Le tableau ci-dessous récapitule les principaux paramètres du CMO avant et depuis 2025.
| Paramètre | Avant 2025 | Depuis 1er mars 2025 |
|---|---|---|
| Indemnisation CMO (0 à 3 mois) | 100 % du traitement | 90 % du traitement |
| Indemnisation CMO (4 à 12 mois) | 50 % du traitement | 50 % du traitement |
| Jour de carence | 1 jour | 1 jour (pas d’extension à 3 jours) |
| Exclusions de la baisse | CLM, CLD, AT déjà protégés | CLM, CLD, AT toujours exclus |
| Entrée en vigueur | — | 1er mars 2025 |
Ces ajustements, ciblés sur le CMO, constituent un changement culturel. En réduisant légèrement le niveau de rémunération sur les arrêts de courte et moyenne durée, l’exécutif a voulu infléchir les comportements, tout en affichant un souci d’équité avec le secteur privé.
Les objectifs annoncés par le gouvernement
Le discours officiel s’articule autour de trois axes. D’abord, rapprocher le régime public du privé : dans les entreprises, une carence de trois jours s’applique et les indemnités journalières de sécurité sociale restent plafonnées. L’État ne copie pas ces règles, mais il envoie un signal de convergence, afin de limiter les différentiels d’incitations entre secteurs.
Ensuite, il s’agit de maîtriser la dépense publique. L’exécutif a projeté 900 millions d’euros d’économies annuelles, avec 300 millions pour la fonction publique territoriale. L’argument est budgétaire, mais aussi managérial : si les absences de courte durée sont moins indemnisées, elles seraient, selon cette logique, moins fréquentes.
Enfin, la réforme vise à réduire l’absentéisme en modifiant les incitations financières associées à l’arrêt maladie. L’idée est simple : une baisse modérée de la rémunération doit décourager certains arrêts perçus comme évitables, sans fragiliser les agents confrontés à des pathologies sévères, protégées par d’autres régimes. Cette ambition s’accompagne d’un renforcement de la vigilance des employeurs sur les arrêts courts et récurrents.
- Convergence public-privé sur le principe d’effort partagé.
- Économies attendues pour stabiliser la masse salariale publique.
- Incitations revues pour contenir l’absentéisme de courte durée.
Pourquoi la réforme ne rapporte pas ce qui était promis ?
Sur le terrain, la mécanique ne produit pas les effets escomptés. En interrogeant des directions des ressources humaines et des agents, un constat revient : les gains budgétaires sont modestes et les comportements se déplacent au lieu de s’éteindre.
Un impact budgétaire limité
La promesse était forte, la réalité l’est moins. Plusieurs simulations internes montrent un écart marqué entre projections et économies constatées. Sur une masse salariale de 25 millions d’euros, l’économie annuelle ne dépasse pas 42 500 euros. Rapporté au périmètre national, la réforme ne génère qu’environ 0,17 % d’économies sur la dépense globale. Autrement dit, l’effet d’allégement est quasi imperceptible à l’échelle macro.
Pourquoi un tel décalage ? D’abord, la baisse de 10 % sur les trois premiers mois ne concerne qu’une fraction des jours d’absence, et seulement après le jour de carence. Ensuite, les arrêts très courts, souvent majoritaires en volume, étaient déjà partiellement dissuadés par la carence. Enfin, certaines collectivités ou administrations avaient anticipé des mécanismes compensatoires, via les mutuelles employeurs ou des garanties statutaires, ce qui a réduit la portée effective de la mesure.
Il faut aussi compter avec la structure des arrêts. Les plus longs, qui pèsent le plus sur la dépense, se concentrent sur des motifs médicaux sérieux et sont souvent couverts par des régimes dérogatoires ou des exclusions maintenues par la réforme. L’effort, appliqué surtout aux CMO de courte et moyenne durée, touche un gisement d’économies restreint. Le rendement budgétaire est mécanique mais faible, ce qui explique la déception enregistrée par de nombreux décideurs.
Les effets de report et de contournement
Face au nouveau cadre, agents et prescripteurs ont adapté leurs pratiques. Plusieurs DRH évoquent une montée des arrêts plus longs, parfois pour éviter la multiplication d’arrêts courts subissant à répétition une perte de revenu sur le premier jour ou des décotes sur les périodes initiales. Des arrêts de 3 jours deviennent des arrêts de plusieurs semaines quand l’état de santé reste précaire et que l’agent anticipe des difficultés à reprendre rapidement.
J’ai également relevé des mécanismes compensatoires portés par les mutuelles employeurs. Certaines garanties comblent partiellement la perte de rémunération, neutralisant l’effet dissuasif recherché. Cette couverture additionnelle, inégale selon les collectivités et les contrats, induit des écarts d’impact entre agents et territoires. Le résultat est une cartographie hétérogène, où la réforme change les règles sans homogénéiser les comportements.
- Allongement des arrêts pour stabiliser la convalescence et éviter des reprises avortées.
- Empilement de garanties via les mutuelles qui atténue la baisse d’indemnisation.
- Recomposition de l’absentéisme : moins de très courts arrêts, plus d’arrêts intermédiaires.
Au total, l’absentéisme n’a pas reculé. Sa structure change, ce qui déjoue l’hypothèse selon laquelle une décote financière sur trois mois ferait baisser mécaniquement le nombre de jours d’absence. Beaucoup de médecins insistent sur la dimension sanitaire et contextuelle : quand les conditions de travail se dégradent, les arrêts suivent, quelle que soit l’indemnisation.
L’absence de mesures d’accompagnement
La réforme a principalement agi sur le levier indemnitaire. Or, sans traitement des causes amont, le risque est de déplacer les lignes sans résoudre la difficulté. Les témoignages convergent : intensification des charges, pénuries d’effectifs, exposition aux incivilités, organisation des plannings sous tension. La prévention en santé au travail, la démarche de qualité de vie au travail et les investissements managériaux restent trop inégaux d’un service à l’autre.
Plusieurs responsables RH me confient la même lecture : la mesure change les pratiques mais pas la racine du problème. Les agents malades continuent de s’arrêter, et ceux qui alternent rechutes et reprises vécues comme précipitées finissent par rallonger leur repos pour éviter une spirale d’échecs. Sans actions coordonnées sur l’ergonomie des postes, la charge réelle, la prévention des risques psychosociaux et le dialogue de proximité, l’arbitrage financier a du mal à produire ses effets.
Réactions et critiques autour de la réforme
Sur le plan social, le texte a suscité une levée de boucliers. En interrogeant les organisations syndicales et des agents de terrain, j’entends une même inquiétude : la mesure pèse davantage sur celles et ceux qui disposent des rémunérations les plus modestes et des marges de manœuvre les plus faibles.
Opposition syndicale et tensions sociales
Les syndicats ont dénoncé une dégradation des conditions pour les agents les moins rémunérés, pour qui 10 % de perte pendant trois mois représente un effort tangible, notamment en cas de dépenses de santé non prises en charge à 100 %. Un sentiment d’injustice apparaît aussi quand on compare avec le privé : si la carence y est de trois jours, de nombreuses entreprises complètent les indemnités pour préserver le salaire, ce que le secteur public ne garantit pas de façon uniforme.
Cette réforme n’arrive pas dans un vide. Elle s’additionne au jour de carence instauré en 2018 et à son extension aux rechutes en 2024. Beaucoup d’agents perçoivent une trajectoire continue de durcissement, sans contreparties visibles sur la prévention ou l’amélioration des conditions de travail. Lors des phases de concertation, l’opposition a été forte et souvent unanime. Le texte a été validé malgré des réserves largement exprimées, ce qui nourrit aujourd’hui un climat social plus fragile dans certaines administrations.
- Perte de pouvoir d’achat plus marquée pour les bas salaires.
- Accumulation de mesures ressentie comme pénalisante depuis 2018.
- Processus de concertation jugé peu audible par plusieurs organisations.
Effets sociaux et climat dans les administrations
Au quotidien, la réforme influence le moral des équipes. Des cadres de proximité décrivent des agents plus inquiets sur la compatibilité entre leur santé et leurs finances, surtout en cas d’arrêts répétés. La motivation et l’engagement s’en trouvent fragilisés, notamment dans les métiers d’exposition, au contact du public, où la fatigue et les tensions sont déjà fortes.
Les syndicats réaffirment un cap alternatif : priorité à la prévention, à la santé au travail et à la réorganisation des services. Ils plaident pour des suivis médicaux renforcés, une meilleure anticipation des pics d’activité, des équipes dimensionnées au besoin réel, et une attention aux facteurs de pénibilité. De nombreux DRH partagent en partie ce diagnostic, tout en rappelant le cadre budgétaire contraint. Tous convergent sur un point : une politique d’absentéisme efficace exige un volet humain, managérial et organisationnel, pas uniquement indemnitaires.
Bilan et perspectives à court terme
Depuis le 1er mars 2025, le dispositif est stabilisé. Aucune extension du jour de carence n’est à l’ordre du jour, et aucune réduction supplémentaire des droits n’a été annoncée pour les congés maladie ordinaires. La séquence politique semble marquer une pause, le temps d’évaluer les effets concrets et de calmer les tensions sociales apparues dans plusieurs versants de la fonction publique.
Sur le plan RH, l’absentéisme reste un sujet central. Les directions se recentrent sur trois leviers : mieux cibler la prévention, renforcer le contrôle des arrêts quand cela s’impose, et garantir la continuité du service public. Ce triptyque ne convient pas à tout le monde, mais il traduit une forme de compromis : accepter que l’indemnisation ne réglera pas tout, et investir davantage dans les environnements de travail.
À plus court terme, des pistes d’ajustement circulent, plutôt sur les dispositifs CLM et CLD, ou sur le cadre des contractuels, afin d’harmoniser certaines protections et clarifier les règles. En revanche, aucune évolution n’est prévue pour le CMO à ce stade. Les employeurs publics concentrent donc leurs efforts sur l’accompagnement des équipes et la sécurisation des organisations, sans attendre un nouveau texte indemnitaire.
Je retiens une ligne directrice : la réforme a déplacé les curseurs, pas les causes. Pour obtenir des résultats tangibles, la prévention, la qualité de vie au travail et un management attentif devront peser autant que les règles d’indemnisation.
